機動巡查隊掌理進、出口貨物 (櫃) 船舶之抽 (複) 查及巡緝等事宜。分
設三分隊，各分隊之職掌如左：
一、抽 (複) 驗進 (出) 口及轉運 (口) 貨物 (櫃) 。
二、抽查進出口船舶，入出境旅客、船員行李之檢查、押運及應稅物品之
驗 (稅) 放。
三、抽 (復) 驗進 (出) 口郵包。
四、抽 (復) 查進 (出) 口船舶。
五、抽查 (清點) 扣押、沒入及逾期貨物。
六、抽 (復) 驗加工出口區生產事業進出區貨物。
七、抽查海關管理保稅工廠保稅原料、半成品、在製品及成品。
八、密報案件之處理。
九、日、夜間機動巡查轄區水域、碼頭、倉庫及貨櫃集散站。
十、其他交 (協) 辦事項。