稽查課掌理船舶之理船、結關、港區巡邏、貨棧及貨櫃集散站之管理等事
宜。分設八股，各股之職掌如左：
一、督察一至四股：
(一) 進出口船舶理船及結關之辦理。
(二) 進出港區人員，車輛及貨物之檢查。
(三) 船舶貨物及貨櫃裝卸之監視。
(四) 船邊翻艙、取樣、看樣及打包之監視。
(五) 各類貨物押運之辦理。
(六) 港區水陸巡邏。
(七) 其他行政事項之辦理。
二、督察五股：
(一) 進出口船舶理船及結關之辦理。
(二) 進出口船舶之檢查。
(三) 進出港區人員，車輛及貨物之檢查。
(四) 船舶貨物及貨櫃裝卸之監視。
(五) 船邊翻艙、取樣、看樣及打包之監視。
(六) 各類貨物押運之辦理。
(七) 進出口貨棧、保稅倉庫及貨櫃集散站之管理。
(八) 存倉短、溢卸及破損貨物之簽證。
(九) 退關或註銷貨物之簽證。
(十) 港區水陸巡邏。
三、倉庫一至三股：
(一) 進出口貨棧、保稅倉庫及貨櫃集散站之管理。
(二) 存倉短、溢卸及破損貨物之簽證。
(三) 退關或註銷貨物之簽證。
(四) 進口船舶卸貨准單之審核與簽註。