緝案處理課掌理緝私案件之處理事宜。分設二股，各之職掌如左：
一、第一股：
(一) 緝私案件之登記控管。
(二) 軍警機關移交或協緝案件之核擬處分。
(三) 緝私案件處分書之撰繕及送達。
(四) 緝私案件行政救濟之處理。
(五) 扣押貨物或運輸工具申請提供擔保撒銷扣押之處理。
(六) 沒入私貨、大陸物品及逾期貨物之處理。
(七) 緝案私貨及逾其貨物標售底價之擬定。
(八) 其他行政事項之辦理。
二、第二股：
(一) 私貨進出倉之點交、提領及管理。
(二) 移交案件緝私報告表之繕寫。
(三) 私貨之查價、核估及建檔。
(四) 罰款及充公帳收支之處理。
(五) 緝私案件處結及緝私獎金之核算、分配。
(六) 逾期不報關、不繳稅、不退運 (或聲明放棄) 貨物處理記錄之登記
及控管。