法務二科掌理綜合所得稅、證券交易稅及期貨交易稅、貨物稅、菸酒稅、
遺產及贈與稅行政救濟及各稅違章審理等事宜。分設四股，各股之職掌如
下：
一、行政救濟一股、二股：
（一）復查案件之處理。
（二）訴願、行政訴訟案件之答辯及補充說明。
（三）其他有關行政救濟案件案例之分析及研究改進事項。
二、違章審理股：
（一）違章案件非簡易案件之審理及核定。
（二）違章裁罰案件處分書之處理。
三、管制股
（一）行政救濟及違章案件之派查、管制及催辦。
（二）違章案件之派查、管制及催辦。
（三）各項財務罰鍰獎金提成之分配與核發。
（四）各項公文收發之管制及催辦。
（五）復查委員會及裁罰審議小組之提會相關事宜。
（六）各項行政管理工作暨成果報告表之編製。