局長綜理局務，其權責如下：
一、本局工作計畫、工作報告編擬之指示及決定。
二、本局概算編製與預算分配之指示及決定。
三、本局各項稽徵稅目預算執行之監督。
四、本局業務之分配、調整及改進。
五、本局及所屬單位及各級人員之任免、遷調、獎懲與考核。
六、本局各單位及所屬機關工作之監督、指導及考核。
七、本局各項課稅適用法令、規章重要原則之指示採擇。
八、本局重要公文、文稿之批閱及核判。
九、重要稅務案件變更處理方式之決定。
十、會議紀錄之核定。
十一、各單位主管與所屬機關主管請假及其餘職員請假七日以上之核准。
十二、其他有關重要業務、事務之處理。