審查三科掌理貨物稅、菸酒稅、證券交易稅、期貨交易稅之調查、稽徵，
違章檢舉之查緝及專案調查等事宜。分設四股，各股之職掌如下：
一、貨物稅菸酒稅股：
（一）蒐集經銷商名冊、報章雜誌或廣告等課稅資料。
（二）以行業代號列印產製應稅貨物及菸酒之營業人名冊。
（三）各單位通報資料研析運用或核轉。
（四）外轄廠商違章案件之通報。
（五）加強貨物稅菸酒稅稽徵及防止逃漏查緝工作計畫之訂定與執行。
（六）貨物稅菸酒稅選案查核計畫之訂定與執行。
（七）貨物稅飲料品抽樣化驗作業計畫之訂定與執行。
（八）專案查核之規劃與執行。
（九）貨物稅廠商申請或停止實施以出（送）貨單或出廠證替代完稅照案
件核轉。
（十）貨物稅廠商電子計算機開立專用完（免）稅照申請案之核准或核轉
。
（十一）貨物稅廠商申請以倉庫移運單（或其他）替代臨時運單之核轉。
（十二）貨物稅菸酒稅法令疑義、稽徵作業之請釋、宣導及解答（含研提
意見）。
（十三）貨物稅菸酒稅各項月報及統計報表之編造、彙報。
（十四）貨物稅菸酒稅相關業務規劃、督導及其他行政業務之處理。
二、證券交易稅期貨交易稅股：
（一）證券商代徵證券交易稅及期貨商代徵期貨交易稅業務之查核。
（二）上市公司股票讓售資料之調查及處理。
（三）代徵獎金之核發。
（四）更正退稅案件之審查。
（五）違章案件之審查。
（六）法令疑義之請釋及解答。
（七）證券商、期貨商及未上市公司訪查計畫之訂定與執行。
（八）公文收發及催辦。
（九）其他行政事項之處理。
三、查緝一股、二股：
（一）年度查緝作業計畫之訂定及執行。
（二）檢舉密告案件之查緝及會審。
（三）有關單位通報違章案件之審查。
（四）違漏案件顯涉刑事責任且需擴大追查者。
（五）主動蒐集違漏資料追查案件。
（六）違章查緝案件之分案、派查。
（七）派查案件之稽催及管制。
（八）其他機關委查事項之處理。
（九）上級交辦事項之處理。