旗津分關掌理轄區內事項如下：
一、進口、出口、轉運及轉口貨物之通關。
二、進口貨物保稅、補稅、免稅、押款、退款、按月彙繳、分期繳納關稅、暫准通關案件及艙單之處理。
三、出口報單審核、管理、副本核發及貨物稅完（免）稅照之處理。
四、進口貨物退運、調換、聲明放棄及出口貨物退關、註銷、轉船之處理。
五、進出口貨物化驗、鑑定及貨樣之管理。
六、貨棧、貨櫃集散站、倉庫及物流中心之監管；押運及碼頭之巡緝。
七、自由貿易港區業務。
八、入出境運輸工具之通關及管理。
九、違章及行政救濟案件之處理。
十、其他有關轄區關務事項。