高雄機場分關掌理轄區內事項如下：
一、進口、出口、轉運及轉口貨物之通關。
二、進口貨物保稅、補稅、免稅、押款、退款、按月彙繳、分期繳納關稅、暫准通關案件及艙單之處理。
三、進出口報單審核、管理、副本核發及貨物稅完（免）稅照之處理。
四、進口貨物退運、調換、聲明放棄及出口貨物退關、註銷、轉機（船）之處理。
五、進出口貨物化驗、鑑定及貨樣之管理。
六、貨棧、倉庫、免稅商店及離島免稅購物商店之監管；押運及高雄國際機場、離島小三通口岸之巡緝。
七、入出境旅客、航（船）員行李及運輸工具之檢查、通關。
八、違章及行政救濟案件之處理。
九、其他有關轄區關務事項。