嘉南分關掌理轄區內事項如下：
一、進口、出口、轉運、轉口及郵遞貨物之通關。
二、進口貨物保稅、補稅、免稅、押款、退款、按月彙繳、分期繳納關稅、暫准通關案件及艙單之處理。
三、進出口報單審核、管理、副本核發及貨物稅完（免）稅照之處理。
四、進口貨物退運、調換、聲明放棄及出口貨物退關、註銷、轉船（機）之處理。
五、進出口貨物化驗、鑑定及貨樣之管理。
六、科技產業園區、科學園區及農業科技園區等保稅區區內事業之監管。
七、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心及進出口貨棧之監管；安平港、布袋港及臺南機場之巡緝。
八、自由貿易港區業務。
九、違章及行政救濟案件之處理。
十、其他有關轄區關務事項。