本關設下列組、室、分關：
一、業務一組，分三課六股辦事。
二、業務二組，分四課十四股辦事。
三、稽查組，分三課八股三艇辦事。
四、儀檢組，分三課八股辦事。
五、機動稽核組，分二課五股辦事。
六、法務緝案組，分三課二股辦事。
七、秘書室，分六股辦事。
八、人事室，分三股辦事。
九、政風室，分二股辦事。
十、主計室，分三股辦事。
十一、資訊室，分三股辦事。
十二、小港分關，分六課十八股辦事。
十三、旗津分關，分四課十四股辦事。
十四、高雄機場分關，分四課十六股辦事。
十五、嘉南分關，分四課十一股辦事。