會計室掌理歲計、會計及統計事項。分設三股，各股之職掌如下：
一、經費股
（一）預算之控制與執行及經費流用、保留。
（二）動支第一、第二預備金之申請事項。
（三）會計事務之處理及內部審核業務之執行。
（四）政府採購案件之監辦事項。
（五）經費類記帳憑證之編製與會計簿籍之記載。
（六）經費類會計報告、年度決算之編報。
（七）歲出類會計憑證、簿籍、報表之裝訂、整理、保管及送審。
（八）財產統制帳項之登錄。
（九）其他上級交辦事項。
二、徵課股
（一）歲入概（預、決）算及分配預算之編報。
（二）歲入類會計各項憑證、報表之審核及登記。
（三）稅款保證金、罰鍰之清理核結及退還等事項。
（四）各項稅課收入退還書及退稅支票之審核與簽發。
（五）歲入類記帳憑證之編製、建檔、併檔及會計簿籍之登載、清理與核
結。
（六）徵課會計電腦產出代傳票、明細分類帳及總分類帳報表之核對。
（七）歲入類會計憑證、簿籍、報表之裝訂、整理、保管及送審。
（八）歲入類會計報告之編報。
（九）其他上級交辦事項。
三、統計股
（一）國稅收入之調查、統計、分析與處理。
（二）統計資料之蒐集與統計年報之編纂呈報。
（三）各項國稅徵課實況報表之編報。
（四）關於本局所辦公務之統計事項。
（五）歲出概、預算之編製、追加減及預算分配等事項。
（六）會計統計人員之任免、遷調、獎懲、考核等事項之處理與建議。
（七）其他上級交辦事項。