貨櫃集散站經營業變更組織、名稱，應先報請航政機關核轉主管機關許可，並於依法辦妥公司變更登記後三十日內，填具許可證換發申請書（附件三）、變更登記申請書（附件五）及變更對照表（附件六），申請航政機關核轉主管機關換發貨櫃集散站經營業許可證。
貨櫃集散站經營業變更地址、資本額、負責人、董事、監察人、經理人，應於辦妥公司變更登記後三十日內，填妥變更登記申請書（附件五）及變更對照表（附件六），報請航政機關備查。分公司設立、地址、經理人變更者亦同。
貨櫃集散站經營業土地面積之增減，應填妥變更登記申請書（附件五）與變更對照表（附件六），報請航政機關同意後，始得辦理變更；完成變更後三十日內，應申請航政機關核轉主管機關換發貨櫃集散站經營業許可證。
前項土地面積增減涉及土地用途或權利變更者，應符合土地使用管制相關規定，並報請航政機關同意後，始得辦理變更。
貨櫃集散站經營業許可證毀損或遺失時，貨櫃集散站經營業應填具申請書（附件三），申請航政機關核轉主管機關補發貨櫃集散站經營業許可證。