依前條應繳交之費用計算基準如下：
一、申請農業設施之容許使用者，每件收取新臺幣二百元。
二、申請農業用地變更使用面積在一公頃以下者，每件新臺幣三千元；面積超過一公頃者，每超過○‧五公頃加收新臺幣一千五百元，超過面積不足○‧五公頃者，以○‧五公頃計算。
三、申請核發農民團體、農業企業機構或農業試驗研究機構許可承受耕地證明者，每件新臺幣一萬元。
四、申請核發本條例
第三十八條之一土地作農業使用證明書或農業用地作農業使用證明書，依下列規定計收：
（一）土地為單獨所有或公同共有者，依申請之土地筆數計收，第一筆收取新臺幣五百元；每增加一筆加收新臺幣三百元。
（二）土地為分別共有者，依所申請之共有人數乘以共有土地筆數所得單位數計收費用。第一單位收取新臺幣五百元；每增加一單位加收新臺幣三百元。
五、申請許可設置休閒農場者，每件收取新臺幣一萬元。但未涉及住宿、餐飲、農產品加工（釀造）廠、農產品與農村文物展示（售）及教育解說中心等設施者，每件收取新臺幣五千元。
六、申請核定興建農舍之農民資格者，每件收取新臺幣五千元。