本所掌理下列事項：
一、畜產資源遺傳多樣性研究、國家種原庫多功能應用、國際性畜禽品種性能改良、畜禽生理及人工生殖之試驗研究。
二、畜禽營養代謝、飼料資源開發、調製、品質檢驗及飼料添加物產製之試驗研究。
三、飼料作物開發與選育、生產技術與調製利用、飼料作物生產與資源循環再利用及生態平衡之試驗研究。
四、畜禽繁殖生長效益、飼養管理與動物福利之增進、污染防治及產業創新經營管理之試驗研究。
五、畜禽產品開發、加工技術、理化特性、機能性物質及微生物利用之試驗研究。
六、畜禽相關技術之推廣輔導、資訊應用、農民教育訓練、研發成果與創新育成管理及國際交流合作。
七、所屬機構之督導、協調及推動。
八、其他有關畜產試驗研究事項。