綜合企劃組掌理事項如下：
一、農田水利政策、方針與措施之規劃、研擬及協調。
二、農田水利施政計畫、中長程、年度計畫、科技計畫之訂定、規劃協調及專案計畫之管考。
三、農田水利刊物之出版、輔導與國際事務之研究、交流及協調。
四、農田水利相關財團法人業務之輔導及考核。
五、農田水利事業灌溉管理組織人事政策、人員甄試與人才組訓之研擬及規劃。
六、農田水利事業作業基金之存儲運用等財務管理、非事業用土地資產使用、收益、處分制度之研擬、執行與資產投資計畫之運用開發評估及推動。
七、農田水利相關法規訂修及解釋之研擬。
八、農田水利相關訴願、訴訟、國家賠償案件之諮詢及處理。
九、其他有關綜合企劃事項。