農田水利管理組掌理事項如下：
一、農田水利資源之調查及農業灌溉水資源之規劃。
二、農田水利灌溉營運管理、灌溉技術發展、灌溉資訊系統工程之規劃、設計、興建與相關人員培育之規劃、推動及監督。
三、農業灌溉水資源調配、亢旱調撥支援民生及工業用水之協調、推動及監督。
四、灌溉水質管理政策、水質監測計畫之規劃、推動、協調及監督。
五、灌溉用水污染之介入查察、取締、裁處作業與相關人員訓練之規劃、推動、協調及監督。
六、灌溉用水品質檢驗、專任檢驗人員訓練之規劃、推動、監督及協調。
七、農田水利設施整備、災害防救緊急應變業務及災害搶修（險）工程之監督。
八、農田水利設施、取（引）水工程、調蓄設施管理與養護之規劃、設計、推動、協調及監督。
九、管路灌溉設施工程之規劃、設計、推廣、試驗研究與節約農業灌溉用水措施、農田水利技術士技能檢定之規劃、輔導及推動。
十、其他有關農田水利管理事項。