本署掌理下列事項：
一、農糧政策與法規之規劃、研擬、執行及監督。
二、農糧作物生產改進、安全監測、產銷穩定措施與集團產區設置之規劃及監督。
三、農糧產業調查、資訊蒐集之規劃及監督。
四、農糧作物天然災害救助之監督及執行。
五、農地土壤、肥料、種苗、植物品種權與農業機械管理業務之規劃、執行及監督。
六、農糧產品行銷與加工、果菜、花卉等農產品批發市場之輔導及監督。
七、糧食管理、政府存糧收撥儲運之規劃、執行及監督。
八、農糧產銷組織之輔導。
九、有機農業政策與法規之規劃、研擬、執行及監督。
十、其他有關農糧事項。