共同處理機構設立完成後，應檢具下列相關文件，向本署申請共同處理營運許可，發給共同處理營運許可證，始得營運：
一、申請書。
二、合作社登記執照、法人登記證書、公司登記證明文件或公會立案證明文件及章程。
三、共同處理機構設立許可文件。
四、醫療機構、醫事檢驗所名冊及共同關係等相關資料。但以股份有限公司方式設立者，並應檢具投資名冊及其各該投資比例等證明文件。
五、主任管理員、甲級廢棄物處理技術員及乙級廢棄物處理技術員之名冊及其取得行政院環境保護署核發之合格證書。
六、醫療廢棄物處理設施完工驗收證明文件。
七、試運轉功能檢驗報告。
八、污染防治監測計畫書。
九、醫療廢棄物最終處置去處證明文件。
十、營運管理計畫書。
十一、其他經本署指定或相關法令規定之文件。