共同清除機構設立完成後，應檢具下列相關文件，向本署申請共同清除營運許可，發給共同清除營運許可證，始得營運：
一、申請書。
二、合作社登記執照、法人登記證書、公司登記證明文件或公會立案證明文件及章程。
三、共同清除機構設立許可文件。
四、醫療機構、醫事檢驗所名冊及共同關係等相關資料。但以股份有限公司方式設立者，並應檢具投資名冊及其各該投資比例等證明文件。
五、主任管理員名冊及其取得行政院環境保護署核發之合格證書。
六、醫療廢棄物清除設施及工具清冊（含清運工具車籍資料）。
七、醫療廢棄物處理及最終處置去處證明文件。
八、營運管理計畫書。
九、其他經本署指定或相關法令規定之文件。