金融控股公司及銀行業應建立自行查核制度，並由管理階層指定執行法令遵循制度、風險管理制度、資訊安全制度或具第二道功能之單位，督導訂定自行查核內容與程序及覆核各單位自行查核之執行情形。
銀行業各營業、財務、資產保管、資訊單位及國外營業單位應每半年至少辦理一次一般自行查核，每月至少辦理一次專案自行查核。但已辦理一般自行查核、內部稽核單位（含母公司內部稽核單位）已辦理一般業務查核、金融檢查機關已辦理一般業務檢查或法令遵循事項自行評估之月份，該月得免辦理專案自行查核。另經主管機關核准採行風險導向內部稽核制度之銀行業，得依風險評估結果訂定一般及專案自行查核之頻率、重點及範圍，並報董（理）事會通過後實施。
金融控股公司每年至少須辦理一次內部控制制度自行查核，並督導子公司辦理前段內部控制制度自行查核事項。
各單位辦理前二項之自行查核，應由該單位主管指定非原經辦人員辦理並事先保密。
第二項及第三項自行查核報告應作成工作底稿，併同自行查核報告及相關資料至少留存五年備查。
金融控股公司及銀行業對各單位自行查核之查核缺失，應追蹤改善情形。