中華民國船舶之所有人、營運人或船長、駕駛人違反
第二十四條第一項所為限制或禁止之命令者，處新臺幣一百萬元以上一千萬元以下罰鍰，並得處該船舶一定期間停航，或註銷、撤銷其有關證照，及停止或撤銷該船長或駕駛人之執業證照或資格。
香港或澳門船舶之所有人、營運人或船長、駕駛人違反
第二十四條第二項所為限制或禁止之命令者，處新臺幣一百萬元以上一千萬元以下罰鍰。
外國船舶違反
第二十五條所為限制或禁止之命令者，處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並得定期禁止在中華民國各港口裝卸客貨或入出港。
第一項及第二項之船舶為漁船者，其罰鍰金額為新臺幣十萬元以上一百萬元以下。