本局掌理下列事項：
一、海運航業、船舶、船員、海事、商港之法規、政策及發展計畫研擬。
二、航業、船舶驗船機構、船員與駕駛訓練機構、商港港埠業監理業務之規劃、執行及督導。
三、國際海運合作、聯營機構、航運秩序管理業務之規劃、執行及督導。
四、船舶檢丈、登記與航行安全業務之規劃、執行及督導。
五、船員與駕駛訓練、發證、考核業務之規劃、執行及督導。
六、海事、引水業務之規劃、執行及督導。
七、商港與商港自由貿易港區監理業務及公有公共基礎設施之建設管理。
八、航路標識之規劃、建造、維護、監督、管理及航行安全之促進。
九、海運國際條約、公約、協定、規範與標準之蒐集、編譯及執行。
十、其他航港相關事務之規劃、執行及督導。