港務組設港灣、繫船、港勤、航管四科，掌理下列事項：
一、商港範圍檢討修訂及都市計畫相關業務處理事項。
二、港區安全管理及災害事故處理事項。
三、小船新（汰）建、停泊及違規管理事項。
四、船舶船員日用品供應業、船舶理貨業、船舶小修業、船舶公證業及船舶勞務業管理事項。
五、船席指定及調配管理事項。
六、船舶進出港口及港內航行交通管理事項。
七、船舶交通管理系統及導航設備維護管理事項。
八、港勤船舶作業維護管理事項。
九、民營港勤業務協調督導事項。
十、商港法與港務管理規則等法規擬議修訂事項。
十一、其他交辦事項。
航管科下設管制台。