運輸管制，應符合下列規定：
一、健康食品堆疊時，保持穩固，並維持空氣流通。
二、儘速完成收貨、裝貨、理貨及卸貨，避免發生運輸設備廂體及容器或健康食品之溫度劇烈變動。
三、運輸過程，避免溫度劇烈變動；有管制溫度或濕度必要者，應訂定合理管制方法及基準，定期檢測及確實記錄，並定期維護相關設備及儀器，確認效能及校正其準確性。
四、冷凍及冷藏食品之貯存，不得逾運輸設備之最大裝載線，並維持適當之冷空氣循環。
五、裝載訂有保存溫度之食品原料、半成品或成品前，運輸設備之廂體或容器應確保維持有效保溫狀態；除有合理原因及依據，並作成紀錄者外，不得改變原設定之貯存條件。
六、以具冷凍及冷藏功能之運輸設備廂體，裝載訂有保存溫度之食品原料、半成品或成品，且於每日收貨、裝貨、理貨或卸貨時，抽測運輸設備廂體或容器內環境溫度，並作成紀錄。
七、運輸過程中，健康食品應設置遮蔽、覆蓋或其他適當之管理措施。
八、同時載運可能污染食品原料、半成品或成品之其他物品者，應設置防止交叉污染之措施；其未能防止交叉污染者，不得同時載運。