本法之主管機關為法務部。
法務部為辦理本法所定之揭弊者保護事項，應組成揭弊者保護委員會。
本法所定事項，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各該目的事業主管機關辦理。目的事業主管機關有爭議者，由揭弊者保護委員會確定之。
揭弊者保護委員會置委員七人，以法務部部長為主任委員，並為當然委員；其餘委員由主管機關就具下列資格者遴聘之，任期三年：
一、曾任法官、檢察官、律師及其他依法具有專門執業及技術執業資格人員五年以上者。
二、曾任或現任教育部認可之大專院校教授五年以上，聲譽卓著者。
三、對揭弊者保護、人權保障有專門研究或貢獻，或具相關公民團體實務經驗，聲譽卓著者。
揭弊者保護委員會之組織規程、遴聘方式、處理程序及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。