安全查核程序如下：
一、完成列管軍品廠商資格級別評鑑之廠商，應於接獲國防部通知之日起十日內，填具列管軍品廠商執行國防事務人員查核名冊（如附表四），並檢附廠商人員之國民身分證影本與警察刑事紀錄證明書、非陸資及安全查核切結書（如附表五），送交政戰局實施書面審查。檢附文件、資料未備齊者，應於接獲通知後七日內補正；屆期未補正，視同未符合安全查核基準。
二、政戰局完成書面審查後，必要時得至廠商執行國防事務相關主要或其分支營業所、廠房、辦公室或軟硬體設備（施）之所在地，實施現地訪查或其他必要查察；廠商拒絕者，視同未符合安全查核基準。
三、受委任或委託機關（構）完成委任及委託查核事項後，應將查核情形（如附表六）送交政戰局彙整查核結果。
政戰局依前項所定程序完成查核後，應填載安全查核結果通知書（如附表七），陳報國防部續辦核發合格證明之審查，並建立檔案列管。