績效評鑑之程序如下：
一、自評：本中心應於會計年度終了後，擬具績效評鑑自評報告送董事會，經董事會通過後，於次年三月一日以前報本部。
二、複評：本部收受前款績效評鑑自評報告後，應交評鑑會辦理複評。評鑑會複評時，參酌前款績效評鑑自評報告及其他相關資料，於評鑑年度次年四月三十日以前作成績效評鑑報告。
三、核定：本部應於評鑑年度次年六月三十日以前核定績效評鑑報告。
本中心應於年度績效評鑑報告核定後二星期內，依政府資訊公開法相關規定主動公開。
本部應於評鑑年度次年八月三十一日以前，就年度績效評鑑報告提交分析報告，送立法院備查。