本館設各組、室，分別掌理下列事項：
一、研究組：人類學、自然地理學與地質學、動物學、植物學資料與標本
之調查、蒐集、保存及研究等事項。
二、典藏管理組：蒐藏品之入館、收藏、交換、登錄、異動、盤點、維護
、加值應用開發、典藏環境監控等業務之統籌督導及行政管理事項。
三、推廣教育組：博物館教育之研究與推廣、志工管理、資訊管理、出版
、行銷與公關、館際交流及公共服務等事項。
四、展示企劃組：自然史文物展示與特展之規劃設計、展品徵集及管理維
護、館務發展規劃、政策之擬訂及營運管理等事項。
五、秘書室：研考、文書、檔案、印信、庶務、財產管理、出納、警衛及
其他不屬於各組之事項。