保防安全處掌理事項如下：
一、國軍保防安全工作法令研修事項。
二、國軍保密工作、保防人員培育政策之規劃、督導及執行事項。
三、國軍人員安全調查工作之規劃、督導及執行事項。
四、國軍諮詢部署工作之規劃、督導及執行事項。
五、防諜情報蒐集與敵（間）諜案件之調查及處理事項。
六、國軍洩（違）密案件之情報蒐集、調查及處理事項。
七、國軍安全狀況掌握、反映與處理之策劃及執行事項。
八、國軍防範秘密破壞工作之規劃及督導事項。
九、國軍特種勤務危安目標情報作業之規劃及協調事項。
十、全國保防工作會報之策劃、督導及與各保防體系之協調連繫事項。
十一、國軍保防教育之規劃及督導事項。
十二、國軍反情報預算編列與執行運用事項。
十三、軍事安全總隊之運用指導與業務督導事項。
十四、其他有關保防安全事項。