各級主管機關定期監測水體水質監測站之檢測項目與採樣頻率如下：
一、河川：氫離子濃度指數（pH）、導電度、溶氧量、生化需氧量、懸浮固體、氨氮，每月監測一次；重金屬每季監測一次。
二、水庫、湖潭：葉綠素 a、透明度及總磷，每季監測一次。
三、河川、排水路出海口：河川、排水路出海口距離二公里內有養殖區者，於該出海口污染濃度較高之季節時段，調查水質重金屬項目，未符合地面水體分類及水質標準附表二保護人體健康相關環境基準（以下簡稱環境基準）者，每季監測重金屬一次。
四、主要飲用水取水口：於污染濃度較高之季節，調查重金屬水質項目，未符合環境基準者，每季監測重金屬一次。