綜合規劃司掌理事項如下：
一、年度施政方針、年度施政計畫、中程施政計畫、先期作業、中長程個案計畫、科技計畫之研擬、規劃、協調及督導。
二、施政報告、重大個案計畫之管制、考核及評估。
三、研究發展工作之規劃、研析、推動及管考。
四、行政革新、行政效能與為民服務工作之策劃、研析、推動、督導及考核。
五、出國報告、政府出版品之規劃、執行、審核及評估。
六、矯正署業務之聯繫及協調。
七、國會聯絡事務之政策規劃、分析、研擬、執行及管考事項。
八、媒體、公關事務之政策規劃、分析、研擬、執行及管考事項。
九、本部及所屬機關性別平等業務之統籌、協調及督導。
十、其他跨單位之綜合規劃事項。