本分署掌理下列事項：
一、海域至海岸、河口、非通商口岸查緝走私、防止非法入出國與其他犯罪調查之規劃、督導及執行。
二、公海上對中華民國船舶或依國際協定得登檢之外國船舶犯罪調查之規劃、督導及執行。
三、防制滲透與安全情報蒐集之督導、調查及處理。
四、國際、兩岸、跨轄區偵防業務與重大案件之協調、調查及處理。
五、刑事鑑識、科技研發、資訊業務之規劃、督導、協調與相關裝備之建置、運用及管理。
六、偵防案件之紀錄、蒐集、處理、分析、運用與相關業務工作之規劃、督導、考核及執行。
七、海域與海岸反恐怖活動、反劫持、救難、災害救助與空勤吊掛相關業務之規劃、督導、考核及執行。
八、其他有關偵防事項。