保稅工廠進口保稅之原料或加工品，得申請監管海關核准後運出廠外加工，並以加工至半成品且該加工品以仍能辨別其所加工之原料者為限。但保稅工廠所生產之保稅產品已超過工廠產能，且其事先已具結負責以自己名義將運出廠外加工之保稅產品逕行出口或售與其他保稅工廠、科學園區園區事業、科技產業園區區內事業、農業科技園區園區事業或自由港區事業再加工出口者，得申請監管海關專案核准其運出廠外加工至成品。
前項廠外加工，應由保稅工廠先繕具出廠加工申請書，載明加工廠商名稱、地址、公司統一編號及工廠登記編號（其為自然人者，姓名、地址及身分證統一編號）、使用原料及加工品名稱、數量以及加工期限等，並檢附廠外加工品用料清表及合約向監管海關申請核准後，填具已經海關驗印之廠外加工紀錄卡一次辦理出廠，或在所核准之種類、數量及加工期限範圍內，逐批填具廠外加工紀錄卡，分批出廠。但保稅工廠委託所屬同一法人其他分廠之廠外加工案件，得檢附其他相關證明文件代替合約。
保稅工廠自國外進口或自其他保稅工廠、科學園區園區事業、科技產業園區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業購買之保稅原料，得申請監管海關核准，直接運至加工場所，進行廠外加工，其加工並以加工至半成品且須運回保稅工廠為限。
廠外加工由加工廠所添加之原料，不得申請退稅。但加工廠為保稅工廠者，得申請除帳。
運出廠外加工保稅之原料或加工品，如發生損耗致與運出數量不符時，應由海關查明原因，依照本辦法及其他有關法令規定處理。其加工過程較為複雜者，保稅工廠或加工廠商應事先提供資料，以供查核。
廠外加工之期限，以經監管海關核准廠外加工之翌日起六個月為限。但有特殊情形者，得於期限屆滿前，申請海關核准延長，其延長期限不得超過三個月，並以一次為限。不依規定期限運回工廠者，應於期限屆滿之翌日起十日內繕具報單補稅。