學校法人與其他學校法人合併，或私立學校與其他私立學校合併時，經法人主管機關核准合併者，應依法辦理法人變更登記；其於申請因合併而移轉之不動產、應登記之動產及各項擔保物權之變更登記時，得憑法人主管機關之核准函辦理登記，免繳納規費、印花稅及契稅。
依前項合併移轉之有價證券，免徵證券交易稅；其移轉貨物或勞務，非屬營業稅之課徵範圍。
學校法人所有之土地因合併而隨同移轉時，經申報核定其應繳納之土地增值稅准予記存，由承受土地之學校法人於該項土地再移轉時一併繳納之。合併後取得土地學校法人解散時，經記存之土地增值稅，應優先於一切債權及抵押權受償。