秘書處設文牘科、收發科、機要科、檔案科、研考科及公共關係事務室，分掌下列事項：
一、文牘科：關於文書之撰擬、文件之繕校等事項。
二、收發科：關於文件之收發、分配等事項。
三、機要科：關於本院印信之典守及用印登記等事項。
四、檔案科：
（一）關於本院檔案、史料之管理、借調、保管、典藏、掃描及數位化等事項。
（二）關於國民大會檔案、史料之管理、借調、保管、典藏、掃描及數位化等事項。
五、研考科：關於研究發展及管制考核事項。
六、公共關係事務室：
（一）關於國內之公共關係事項。
（二）關於新聞之編輯及發布事項。
（三）關於新聞資料之蒐集、整理及保管等事項。
（四）關於新聞媒體之聯絡及委員活動之報導事項。
（五）關於本院視聽媒體之規劃、設計及運用事項。
（六）關於民眾參訪接待事項。