第二課設課長一人，其掌管事項如左：
一、關於動物及其產品檢疫 (驗) 之執行事項。
二、關於畜水產品檢疫 (驗) 之執行事項。
三、關於動物及畜水產品檢疫 (驗) 業務委託試驗之執行事項。
四、關於動物及畜水產品包裝、檢查、取樣、標識及不合格品之處理事項
。
五、關於動物及畜水產品檢疫 (驗) 法規程序、標準及方法之研究改進與
建議事項。
六、關於動物及畜水產品檢疫 (驗) 資料之調查蒐集，分析整理與建議事
項。
七、關於動物檢疫證明書之副署。
八、關於動物自行隔離檢疫場所之調查及工廠檢驗之設備、審核檢驗、製
造技術輔導事項。
九、關於分等工廠品質管制追查、產品取樣及檢驗紀錄表審查事項。
十、關於畜水產品加工場所之調查及輔導事項。
十一、關於動物及畜水產品業務計畫、預算之編擬事項。
十二、關於產地辦事處有關業務之督導考核事項。
十三、關於港口之驗對執行事項。
十四、關於本課屬員工作分配及督導考核事項。
十五、其他交辦事項。