第四課置課長一人，其掌理事項如下：
一、農、畜、水產品及加工品類檢驗之推行及管理事項。
二、輸出與輸入農、畜、水產品及加工品類之檢驗、產品檢查等工作及技術服務事項。
三、農、畜、水產品及加工品類委託試驗及特約檢驗執行事項。
四、配合總局執行農、畜、水產品及加工品類檢驗及品質保證等國際合作有關業務。
五、農、畜、水產品及加工品類驗證體系及產品標誌之推行事項。
六、農、畜、水產品及加工品類正字標記品管評鑑及產品檢驗等工作相關事項。
七、本課主管業務之檢驗法規、作業程序、標準、訓練及方法之研究改進、蒐集與建議事項。
八、儀器、設備、藥品、器材之籌劃與管理維護等事項。
九、本課主管業務之疑義、免驗查詢等事項。
十、本課主管之工作計畫、報告、表報、文稿之撰擬、收發、登記事項。
十一、其他臨時交辦事項。