設計課職掌如下：
一、水資源開發專案工程實施計畫、年度作業計畫、年度計畫預算、各子項計畫之研擬、修正及陳報。
二、水資源開發專案工程基本設計準則與工程技術規範之擬訂、基本設計與細部設計圖表繪製、工程細部設計原則與工程預算預算書初稿之陳報及設計報告之編撰與陳報。
三、水資源開發專案工程用地範圍劃定、界樁測釘及指界。
四、水資源開發專案工程施工中配合設計變更會勘、重大設計變更原則之擬訂及設計圖說之釋疑。
五、設計部分之國內外專家顧問聘僱、計畫編寫、行程安排及指導項目擬訂。
六、委託技術服務及研究計畫等相關作業事項。
七、其他臨時交辦事項。