管理科掌理事項如下：
一、河川區域、海堤與區域排水設施範圍使用申請案之受理、審核、許可、廢止及撤銷。
二、河川區域、海堤、區域排水設施範圍之巡防與違法案件之查報、取締及處分。
三、河川、區域排水疏濬工程計畫之擬訂、提報及執行。
四、河川、海堤與區域排水空間之利用及維護管理。
五、河川區域、海堤區域與區域排水設施範圍之管理、勘測、劃定及調整變更。
六、河川、海堤與區域排水水門之維護操作及管理。
七、抽水機組之運轉、調度及支援。
八、愛護河川、排水、海岸及防汛之宣導。
九、其他有關河川、海堤及區域排水管理事項。