管理課職掌如下：
一、工礦與土石採取管理及違反土石採取法、水利法並有礙水源水質水量保護行為之查報取締與處理。
二、觀光遊憩管理及違反發展觀光條例、風景特定區管理規則並有礙水源水質水量保護行為之查報取締與處理。
三、林地管理及違反森林法並有礙水源水質水量保護行為之查報取締與處理。
四、集水區土地使用管制及違反水利法、森林法、水土保持法、都市計畫法、山坡地保育利用條例、臺北水源特定區土地使用管制要點並有礙水源水質水量保護行為之查報取締與處理。
五、水源保育與回饋費管理及運用事項之配合。
六、溫泉管理之會辦。
七、用地取得相關事項。
八、闢建道路申請案之審查及核轉事項。
九、其他臨時交辦事項。