國營事業管理司掌理事項如下：
一、本部所屬國營事業政策、法規之制（訂）定、修正、解釋之擬議及推動。
二、本部所屬國營事業預算、投資計畫之審核及人力資源、轉投資業務之管理。
三、本部所屬國營事業職安及環保之督導。
四、本部所屬國營事業企業化、民營化之推動及結束事業之清算。
五、本部所屬機關（構）施工品質查核、全民督工與公共工程計畫執行之協調、督導及管考。
六、本部主管物資經濟動員準備、國土安全與災害防救業務之規劃、統籌及執行。
七、辦理核能發電設施所產生用過核燃料與低放射性廢棄物之中期處理、貯存與最終處置業務之督導及核能發電後端營運基金之監督管理。
八、本部直接投資事業之公股管理。
九、經濟事務財團法人之設立許可、監督及管理。
十、其他有關國營事業經營管理事項。