營運機構應將事業廢棄物清除處理設施每日貯存、清除、處理情形逐項作成營運紀錄，隨其貯存、清除、處理設施存放，以供查核。一般事業廢棄物之營運紀錄應自行保存五年；有害事業廢棄物之營運紀錄應自行保存七年。
事業廢棄物清除處理設施除經中央主管機關公告指定應以網際網路連線申報前項營運紀錄者或主管機關另有規定者外，應以書面方式分別於每年一月、四月、七月及十月之十五日前，向該設施及廢棄物產源所在地之直轄市或縣（市）主管機關申報前季營運紀錄。
經濟部得不定期派員查核第一項之營運紀錄，營運機構不得拒絕、規避或妨礙。