前條第四款貨櫃（物）控管規劃之內容，應包含設置適當之檢查場所及下列控管機制設施：
一、電子資料自動比對驗證及傳輸系統：對於載運貨物入出自由港區之人員、車輛、貨櫃（物）及運送單證等資訊，能以電子資料自動比對驗證，並能將上述動態資訊，連結傳輸至貨櫃物動態資料庫。
二、貨櫃（物）運送控管機制：自由港區與他自由港區或海空港管制區間之貨櫃（物）運送，應採用科技設施或其他控管機制，有效監督貨櫃（物）入出區及運送期間之路徑、運輸狀況等動態訊息，或使用向海關登記之保稅運貨工具；保稅運貨工具應配合及遵行事項，依關稅法
第二十五條及海關管理保稅運貨工具辦法規定辦理。但未建立運送控管機制者，其貨櫃（物）應辦理通關後始得運送出區。
三、異常訊息處理機制：對於前二款之控管機制遇有異常狀況，能即時顯示異常訊息並有效通報各有關單位處理。
符合
第二條第一項第五款要件之土地申請設置自由港區者，除依據前項規定辦理外，並應依本條例
第三條第一款規定，設置科技電子追蹤控管設備，對入出區之貨櫃（物），進行全程之貨況追蹤。
各級審查機制應確實審查自由港區依前二項規定設置之檢查場所及控管機制設施，對於人員、車輛及貨櫃（物）入出自由港區之控管處理，符合快速便捷、安全維護、預防犯罪之基本需求。
第一項及第二項所定相關之單證或電子資料，應由申請人保存一年；自由港區管理機關得查核之。
依規定設置之檢查場所，得以自由港區內之貨櫃集散站查驗區或港區貨棧替代。但申請人應協同所在地海關及管理機關規劃貨櫃（物）控管機制。