會計室分設三科，各科掌理事項如左：
一、第一科：
(一) 關於本會及所屬機關預 (概) 算之編審、執行事項。
(二) 關於所屬機關歲計業務之督導、查核事項。
(三) 關於動支預備金、經費流用及申請保留經費之處理事項。
(四) 關於本會及所屬機關分配預算之編審、修改事項。
(五) 關於會計業務之研究、發展事項。
(六) 關於其他機關 (構) 補助專款之會計事項。
(七) 關於本會及所屬機關會計人員任免、遷調、考核、獎懲案件之擬辦
事項。
(八) 關於特種基金處理事項。
(九) 關於本室綜合業務及不屬其他各科業務事項。
二、第二科：
(一) 關於本會及所屬機關會計報告及決算之編審事項。
(二) 關於本會歲入憑證之審核事項。
(三) 關於本會及所屬機關現金、票據、有價證券及公庫之查核事項。
(四) 關於所屬機關會計業務之督導事項。
(五) 關於帳務登記及憑證送審事項。
(六) 關於傳票及支付憑單之簽發事項。
(七) 關於暫存款之清理事項。
(八) 關於公務成本及工作績效報告事項。
(九) 關於公款支付期限報表之彙編、查核事項。
(十) 關於憑證及傳票之整理、保管事項。
(十一) 其他有關會計事項。
三、第三科：
(一) 關於歲出憑證之審核事項。
(二) 關於補助各機關團體經費支出憑證之審核、送審事項。
(三) 關於營繕工程、購置、定製、變賣及財物之招標、比價、議價及驗
收之會同監辦事項。
(四) 關於歲出預算之控制、查核事項。
(五) 關於設立預算負擔之契約審核簽證事項。
(六) 關於財產報廢及查核事項。
(七) 關於各種補助費、人事費之審核事項。
(八) 關於差旅費之審核事項。
(九) 其他有關審核事項。