第六處分設三科，掌理下列事項：
一、第一科：
（一）退除役官兵及其眷屬就醫政策與全民健保計畫釐訂、執行、考核。
（二）所屬醫療機構施政計畫審訂及業務督導、考核。
（三）醫療技術及作業程序研究、協調、建議。
（四）就醫床位調節及處理照顧。
（五）政府推動醫療衛生中長程計畫，有關榮民醫療機構協調、所屬醫療
機構協調、執行、配合處理。
（六）所屬醫療機構醫療資訊、病患異動調查分析及醫務表報彙辦。
（七）所屬醫療機構經費、預算需求、協調編列、運用、督導。
（八）所屬醫療機構榮民病患非健保給付經費、病房費差額、患伙食費差
額、掛號費及轉院旅運費之協調、審查與督導。
（九）所屬醫療機構房舍整建、保修、協調、處理。
（十）所屬醫療機構一般設施、車輛油料、病患被服等籌補、督導協調處
理。
（十一）戰時擴大醫療機構收容計畫策訂與協調、督導。
（十二）榮民、榮眷參加全民健康保險之規劃與建議。
（十三）所屬醫療機構民間投資參與公共建設案件之審查與管制。
（十四）所屬醫療機構產官學計畫、執行及督導。
（十五）所屬醫療機構臨床醫學與教學研究計畫。
（十六）所屬醫療機構醫學資源數位化合作網整合作業。
（十七）其他有關就醫綜合業務處理。
二、第二科：
（一）所屬醫療機構醫事人員之編制、進用、召、訓等協調、處理作業項
。
（二）醫事人員國內外儲訓及在職訓練，參加開會等協調。
（三）所屬醫療機構衛材藥品品項審核。
（四）就醫醫院協調及輔導。
（五）所屬醫療機構評鑑與評比等。
（六）榮民醫療機構相互醫療技術支援、輔導暨與非榮民醫療機構建教合
作、醫療技術支援、輔導。
（七）醫事人員參加各項與本職有關協會或活動。
（八）所屬醫療機構醫療糾紛協調處理。
（九）所屬醫療機構人員權益維護及糾紛協處。
（十）配合衛生署及健保局區域醫療系統整合服務業務。
（十一）國際醫療服務及救援業務。
（十二）衛生署緊急醫療災難應變救護業務。
（十三）醫療作業基金管理業務。
（十四）委託各公私立醫學院校醫學系公費生畢業服務、分發作業。
（十五）其他有關所屬醫療機構人力資源管理。
三、第三科：
（一）本會環境保護政策之建議，環保施政計畫之擬訂、執行、督導。
（二）所屬機關（構）環保設施保養維修之建議、協調。
（三）所屬機關（構）廢棄物、廢污水、空氣污染、毒性化學物質之污染
防治、工程、管理、處理（置）、改善之建議、協調。
（四）所屬機關（構）環境影響評估之建議、協調。
（五）所屬機關（構）營繕工程可能產生各項污染之預防建議、協調。
（六）所屬機關（構）辦公大樓（室）推行環保運動之建議、協調。
（七）所屬機關（構）環境衛生（居室、廚房、廁所、飲用水、病蟲媒管
制）之建議、協調。
（八）所屬機關（構）禁煙及戒（反）毒業務之建議、協調。
（九）所屬機關（構）土地開發、水土保持、景觀美化、生態保育之有關
環保問題之建議、協調。
（十）所屬機關（構）衛生檢查輔導之建議、協調。
（十一）所屬機關（構）環保專責人員管理、培訓之建議、協調。
（十二）督導所屬機關（構）環境資訊及各項檢驗報告之建議、協調。
（十三）所屬醫療及安養機構復健計畫及檢定業務處理、協調。
（十四）所屬機關（構）預防保健、傳染病防治策畫、督導、考核。
（十五）身障重建復健策劃、義肢具籌裝及就養榮民缺牙膺復預算之編列
、協調、處理。
（十六）住院病患康復檢定計畫處理及所屬醫療機構職能治療。
（十七）所屬安養機構之醫療作業、醫療裝備申購協調輔導、考核等。
（十八）所屬安養機構醫事人員之進用等協調、處理。
（十九）高齡醫學研究發展計畫擬定協調、審查。
（二十）其他有關所屬機關（構）環保、預防保健、傳染病防治、身障輔
具、復健職能治療及所屬醫療、安養機構長期照護業務。