會計處分設三科，掌理下列事項：
一、第一科：
（一）本會及所屬機構概算、預算籌編。
（二）辦理所屬機構預算分配、核簽。
（三）本會及所屬機構預算控管。
（四）預算執行督導、考核。
（五）本會歲計會計聯外資訊管理系統推動與整合。
（六）其他預算業務。
（七）會計人員之任免、遴用、銓審、調派、升遷、考績、定期獎懲。
（八）會計人員教育訓練。
（九）附屬機構會計財務違常事件之處理。
（十）其他會計人事業務。
二、第二科：
（一）本會及所屬機構會計法規制度釐訂設計。
（二）本會及所屬機構會計報告及年度決算編製。
（三）本會會計事務處理及所屬機構會計事務督導。
（四）本會各項帳簿登記傳票編製及憑證保管。
（五）辦理本會及所屬機構國庫、集中支付。
（六）其他會計業務。
三、第三科：
（一）本會及所屬機構內部審核制度釐訂與推行。
（二）本會經費收、支普通基金預算機構支出憑證審核。
（三）審計機關抽查本會公務會計財務收支帳務之處理（聲復）。
（四）本會及所屬普通基金預算機構採購監辦。
（五）會計、審計法令之轉頒。
（六）本會及所屬普通基金預算機構現金失竊陳請核備。
（七）其他內部稽核業務。
設國軍退除役官兵安置基金會計室（任務編組），任務如下：
一、年度概算、預（決）算之編審與彙編。
二、預算執行督考。
三、會計制度（法規）釐訂、設計、審核、修訂。
四、各種會計報告之審核與彙編及會計事務之處理與督導。
五、基金存款調撥、財務管理等審核建議處理。
六、基金之帳務處理、憑證保管。
七、審計機關財務收支抽查會計帳務之處理（聲復）。
八、投資事業機構之資產負債表、損益表、會計報告等資料之處理。
九、現金失竊陳請核備。
十、其他基金會計業務。
設榮民醫療作業基金會計組（任務編組），任務如下：
一、年度概算、預（決）算之編審與彙編。
二、預算執行督考。
三、會計制度之研訂。
四、各種會計報告之審核彙編。
五、基金會計帳務處理憑證保管。
六、審計機關財務收支抽查會計帳務之處理（聲復）。
七、現金失竊陳請核備。
八、其他基金會計業務。