偵防查緝隊分設三組，各組掌理事項如下：
一、業務組：
(一) 關於海域犯罪偵防之規劃、督導及考核事項。
(二) 關於走私、非法出入國、槍械、毒品、逃犯或其他犯罪查緝業務之
規劃、督導及考核事項。
(三) 關於司法警察業務之執行及司法、檢警機關之協調聯繫事項。
(四) 關於犯罪情報之傳遞、運用及處理事項。
(五) 關於各種偵防績效考核、獎勵與獎 (勵) 金請 (領) 獎作業規定之
訂 (修) 定及分配作業事項。
(六) 關於本總局所屬人員違法案件之審查及移送事項。
(七) 其他有關偵防查緝業務規劃、督導、考核等事項。
二、偵查組：
(一) 關於海域犯罪偵防之執行事項。
(二) 關於走私非法出入國、槍械、毒品、逃犯或其他犯罪查緝業務之執
行事項。
(三) 關於犯罪情報之諮詢、佈置及蒐集事項。
(四) 關於通訊監察之執行事項。
(五) 關於海域各項重大犯罪之直接偵辦、檢肅及統合協調、指導各海巡
隊、直屬船隊偵辦事項。
三、鑑識組：
(一) 關於偵防鑑識業務之辦理、偵蒐、鑑識器材之建購及管理事項。
(二) 關於犯罪紀錄之蒐集、彙整及運用等事項。
(三) 關於通訊監察之規劃、督導事項。
(四) 關於各種偵防績效評核及統計事項。
(五) 關於海關查扣船舶之移撥處理事項。
(六) 關於查獲海域犯罪案件之統計、分析、綜合事項。
(七) 關於涉案人、船 (筏) 之列管、建檔及運用事項。
(八) 關於刑案鑑識之物理、槍彈、化學 (藥物、毒品、尿液) 、痕跡、
文書、法醫、指紋、照相等通報、聯絡、鑑 (送) 驗事項。
(九) 關於警政資訊安全系統查詢作業規定之訂 (修) 定及管制事項。
(十) 關於其他有關鑑識業務之規劃、督導、考核等事項。