秘書室分設三科，各科掌理事項如下：
一、文書科：
（一）關於本署印信蓋用及典守事項。
（二）關於公文處理之規劃、督檢及本署公文之收發、分辦及繕校事項。
（三）關於公文時效管制及稽催事項。
（四）關於本署例行性會議之規劃、紀錄整理及分行事項。
（五）關於本署各項活動行程管制事項。
（六）關於檔案管理之規劃、推動及督導事項。
（七）關於檔案目錄之彙整、公布及檔案開放運用事項。
（八）關於檔案清理、移轉、整理、典藏、銷毀作業之策訂及審核事項。
（九）關於檔案資訊之規劃建置及協調推動事項。
（十）關於本署工作年報編製事項。
（十一）不屬其他各處、中心公文之分發及簽陳裁處事項。
（十二）其他有關文書管理事項。
二、總務科：
（一）關於本署現金、票據及有價證券之收入、支付、保管等事項。
（二）關於本署員工薪餉發放及所得稅、保險費代行扣繳等事項。
（三）關於本署各項費款收支、代收代付及歲入款繳存國庫等事項。
（四）關於本署現金出納及國庫銀行往來之登記結算等事項。
（五）關於本署辦公場所、宿舍之分配管理及本署場地管制等事項。
（六）關於本署事務用品（消耗性物品）採購、管理與清點事項。
（七）關於本署水電（含設備）管理維護及預算籌編、執行等事項。
（八）關於本署勤務人員勤務規劃與督導管理及本署膳食督導管理等事項
。
（九）關於本署停車證、各式來賓證之申領及署區整體安全防護等事項。
（十）關於本署所屬機關秘書室出納業務之督導、考核事項。
（十一）關於本署署部不動產、辦公暨生活設備籌補、分配、管理及督導
事項。
（十二）關於本室不屬其他各科事項。
三、公共關係科：
（一）關於國會、新聞及公共關係業務之策劃、作業規範制定及相關文書
擬辦事項。
（二）關於輿論因應及新聞發布、聯絡事項。
（三）關於署外單位蒞署一般性參訪接待事宜。
（四）關於國會、媒體及一般機關團體之公共關係經營事項。
（五）關於本署及所屬機關公共關係及新聞聯繫工作之指導、協調及考核
事項。
（六）關於每日輿情資料蒐集、提報事項。
（七）關於媒體聯繫活動策劃、記者會辦理及受理採訪本署或所屬機關申
請案件等事項。
（八）關於立法院各種會議或委員會考察、委員質詢之分辦、協調、聯繫
事項。
（九）關於監察院年度中央機關巡察、巡察決議及委員調查、約詢之分辦
、協調及聯繫事項。
（十）關於立法委員、監察委員各項案件之協調、處理、回復事項。
（十一）關於法案推動及預算審查決議案之協調、分辦、聯繫事項。