綜合計畫處分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
(一) 關於行政院年度施政方針之研議事項。
(二) 關於行政院所屬各機關組織職掌之審查事項。
(三) 關於行政院及所屬各機關組織結構及功能之研析事項。
(四) 關於行政院交辦專案之審議事項。
(五) 關於本處綜合業務及不屬其他各科業務事項。
二、第二科：
(一) 關於行政院年度施政計畫之審議及編製事項。
(二) 關於行政院所屬各機關重要社會發展計畫先期作業之審查事項。
(三) 關於年度施政計畫相關法令之研訂事項。
(四) 關於本會年度施政計畫之審查事項。
(五) 關於行政院交辦專案之審議事項。
三、第三科：
(一) 關於行政院中、長程計畫之審議及編製事項。
(二) 關於行政院所屬各機關中程施政計畫之審議及編製事項。
(三) 關於中、長程計畫相關法令之研訂事項。
(四) 關於重大社會發展問題之趨勢與政策分析事項。
(五) 關於行政院交辦專案之審議事項。