各院設各科、室，分別掌理下列關事項：
一、胸腔病科：胸腔病之病患鑑定、病歷尋覓及治療等事項。
二、慢性病科：巡迴檢查、心臟循環疾病及糖尿病之防治籌劃推行事項。
三、護理科：病患護理及協助預防與治療等事項。
四、藥劑科：藥品之請購、保管、調劑、配發等事項。
五、總務室：典守印信、文書檔案、財務管理、修繕、病歷管理、養護、
電機設備與器械之管理與維護、庶務採購、出納、收費、環境衛生及
不屬於其他科、室之事項。
行政院衛生署臺南慢性病防治院得設社會服務室辦理社會服務、病人住、
出院、病歷管理及公共關係等事項。